#源代码#用R语言对表达谱样本做PCA分析

2018-11-19 08:37:30 织梦安装使用
  • 文章介绍
暗香疏影 云生信

主成分分析(Principal component analysis, PCA)是一种数学算法,它可以在减少数据维度的同时,保留数据集中绝大多数的变量[1]。

PCA通过对主成分进行辨别,找出一个方向,并沿此方向分布的数据为最大值,从而减少数据维度。通过采用这样的主成分,便可以只选用若干变量而不是上千的变量来对一种样品进行分析了。

这样,就可以将样品有关变量绘制成图,使得样品间的相似性和相异之处一目了然,对不同样品是否可以归为一组,也一清二楚。这里我们主要解析如何利用R语言,基于表达谱中基因的表达值做PCA分析,并输出三维的PCA结果图。

1. 在线安装并加载rgl包

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite(“rgl”)

library(rgl)

2. 输入表达谱数据(示例以一组随意获得的表达谱中的表达谱值为例)

 

A=read.table("e:/diff-exp-zhuan.txt",header=T)

#输入表达谱数据,注意这里基因数目一定不能少于样本数目

B=as.data.frame(scale(A[2:21]))

#指定参与做PCA分析的数据

3. 用之前指定的数据做PCA分析

pca <- prcomp(B)

summary(pca)

结果:将组成成分的信息均展示出


 

4. 画出前三个PC为轴的PCA三维图(此处可根据研究目的等需求来选取需要的PC来指定根据哪三个PC来画图)

colour<-c(rep("gray",10),rep("orange",10))

plot3d(pca$x[,1:3],col=colour,type="s",radius=0.35,font.lab=2)

 

此图在R上画出后,可以根据最后输出图形的角度,用单击鼠标左键的方式在页面上进行旋转,得到不同视觉角度的图。

这样,根据输入的基因的表达值的PCA分析与PCA立体结果图就完成了,很简单吧?赶快试试。



亲们,福利来了,我们实用Meta分析QQ群也建立了,(Meta分析:422021477)诚挚邀请您的加入,实用Meta分析为您解决分析过程中的所有问题。


1、RCT的Meta分析:文献检索-质量评价-统计分析-RevMan/Stata/R

https://ke.qq.com/course/89244#term_id=100088703



2、RCT的Meta分析(文献检索-质量评价-统计分析-Stata)

https://ke.qq.com/course/89362#term_id=100088872



3、RCT的Meta分析(文献检索-质量评价-统计分析-R)

https://ke.qq.com/course/89364#term_id=100088874


4、RCT的Meta分析(文献检索-质量评价-统计分析-RevMan)

https://ke.qq.com/course/89360#term_id=100088870







没有临床数据做生存率分析,结果可以作为论文的一部分

生信小白如何用云生信分析芯片数据发表接近10分文章

轻戳即可了解

长按二维码关注云生信







欢迎加入云生信QQ群:424014618跟大家一起学习生信知识,关注生信发展,分享生信经验

回复“生信基础”即可获得收集的237M的生物信息学基础学习资料

回复“R相关”即可获得收集的163M的生物信息学技术学习资料

回复“编程即可获得整理的生物信息学编程学习资料(最新更新)


谢谢您阅读云生信。个性化的生物信息学分析服务,助您发表高分文章!如果您有合作需求,点击阅读原文了解更多





    阅读原文
    阅读原文

    上一篇: 附近微信小程序开发定制源码微商城..

    下一篇: 三月福利 | 漂亮的React+Redux后台..

    相关文档推荐

    精品模板推荐

     2020-07-29   18166  0金币下载

     2020-07-27   65338  0金币下载

     2020-07-27   65333  0金币下载

     2020-06-22   57995  0金币下载

     2020-06-13   62585  0金币下载

     2020-06-13   62587  0金币下载

    专业的织梦模板定制下载站,在线购买后即可下载!

    商业源码

    跟版网模板,累计帮助5000+客户企业成功建站,为草根创业提供助力!

    立刻开启你的建站之旅
    
    QQ在线客服

    服务热线

    织梦建站咨询